根據您的描述，貴公司新入職的員工入職時間為3月，實際工資發放在4月，即個人所得稅的稅款所屬時間為4月，5月份為納稅申報期。由于個稅扣繳申報系統是按照入職的時間算減除費用，如果采集該員工人員信息時，入職日期是3月，則2019年5月征期就會出現累計減除費用為10000元（5000元/月×2個月）的問題，解決方法為：新入職員工在申報采集人員信息時，按照為新入職員工申報個稅的稅款所屬期來判斷選擇受雇從業日期，也就是受雇從業日期需要選擇為4月，這樣減除費用為5000元。

政策依據

《關于嚴格按照5000元費用減除標準執行稅收政策的公告》（國家稅務總局公告2018年第51號）

近期，有納稅人反映，部分扣繳單位在10月份發放工資薪金時沒有按照5000元/月費用減除標準扣除計稅。為保障納稅人合法權益，讓納稅人全面及時享受個人所得稅改革紅利，現就有關事項公告如下：

一、根據修改后的個人所得稅法和有關規定，納稅人在今年10月1日(含）后實際取得的工資薪金所得，應當適用5000元/月的費用減除標準。對于符合上述情形的，扣繳義務人要嚴格按照5000元/月費用減除標準代扣代繳稅款，確保納稅人不打折扣地享受稅改紅利。

二、對于納稅人2018年10月1日（含）后實際取得的工資薪金所得，如果扣繳義務人辦理申報時將“稅款所屬月份”誤選為“2018年9月”，導致未享受5000元/月的減除費用，納稅人、扣繳義務人可以依法向稅務機關申請退還多繳的稅款。