根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布《個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）》的公告》（國家稅務(wù)總局公告2018年第61號）規(guī)定，對扣繳義務(wù)人按照規(guī)定扣繳的稅款，按年付給百分之二的手續(xù)費。

根據(jù)《財政部 稅務(wù)總局 人民銀行關(guān)于進(jìn)一步加強代扣代收代征稅款手續(xù)費管理的通知》（財行〔2019〕11號）規(guī)定，“三代”單位所取得的手續(xù)費收入應(yīng)單獨核算，計入本單位收入，用于與“三代”業(yè)務(wù)直接相關(guān)的辦公設(shè)備、人員成本、信息化建設(shè)、耗材、交通費等管理支出。

根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布《個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）》的公告》（國家稅務(wù)總局公告2018年第61號）規(guī)定，扣繳義務(wù)人領(lǐng)取的扣繳手續(xù)費可用于提升辦稅能力、獎勵辦稅人員。

按照目前營改增政策相關(guān)規(guī)定，納稅人代扣代繳個人所得稅取得的手續(xù)費收入屬于增值稅征稅范圍，應(yīng)繳納增值稅。

根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》 規(guī)定，企業(yè)以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入，為收入總額。因此，企業(yè)取得的個人所得稅扣繳手續(xù)費返還收入應(yīng)作為應(yīng)稅收入，計入納稅年度的收入總額。

同時，如果將取得的手續(xù)費獎勵給本單位從事代扣代繳的員工屬于工資、薪金，因此在企業(yè)所得稅上此筆支出可以作為工資、薪金支出在稅前扣除 ，并且此項支出可以增加工資總額進(jìn)而加大稅前扣除職工福利費、職工教育經(jīng)費、工會經(jīng)費等“三項經(jīng)費”的扣除基礎(chǔ)。

根據(jù)《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于個人所得稅若干政策問題的通知》（（1994）財稅字第20號）規(guī)定，個人辦理代扣代繳稅款手續(xù)，按規(guī)定取得的扣繳手續(xù)費，暫免征收個人所得稅。